Vijfhuizen bestod al voordat het Haarlemmermeer drooggelegd werd en net als Nieuwerkerk blijkt uit geschiedschrijving dat Vijfhuizen meerdere malen overspoeld is geweest (hoewel anderen dit weer ontkennen). Het dorp bestaat al sinds de Middeleeuwen en lag op de hoofdroute tussen Amsterdam en Haarlem. Door veenafgraving ontstond ten noorden van Vijfhuizen het Spieringmeer en ten zuiden het Oude Haarlemmermeer. Het dorp lag op dezelfde landbrug als Nieuwerkerk. Door verdere veenafgraving en stormen werd deze landbrug steeds kleiner. In tegenstelling tot Nieuwerkerk zou Vijfhuizen nooit helemaal wegspoelen en herbouwd worden, iets dat met Nieuwerkerk wel meerdere malen gebeurd is. Tot aan de inpoldering van het Haarlemmermeer heeft het dorp op dezelfde plaats gelegen. Door de inpoldering werd het dorp in tweeën gesneden door de Ringvaart. Een deel van het oude Vijfhuizen kwam daardoor binnendijks te liggen (binnen de Haarlemmermeer). Aan de andere kant van de Ringvaart ligt nu nog steeds de Vijfhuizerpolder. Er zijn nog sporen in het landschap te vinden van de oude dijken. De huidige Kromme Spieringweg is de zuidelijke dijk die Vijfhuizen beschermde tegen het water. De eendenkooi van de familie Stokman is nog één van de restanten van het Oude Vijfhuizen. De eendenkooi werd gesticht in 1701 en is sinds 1757 in handen geweest van de familie Stokman. Dit betekent dus ook dat het stuk land waar deze eendenkooi zich bevindt, tot de oudste delen van de Haarlemmermeer behoort.

Door de ligging van Vijfhuizen aan de Ringvaartdijk, werd hier een fort aangelegd (het huidige kunstfort) om de acces van de Ringdijk te verdedigen. Omdat bij het Fort bij Vijfhuizen het gebied dat droog zou blijven staan vrij breed is heeft men een dubbele slotgracht aangebracht. Dit heeft mede te maken met de ouderdom van het gebied.